不会，医保卡的余额每年不会清零的。医保卡里的钱，包括了往年结余和当年划入的钱，到了年底没有使用完的，可以继续结转到下年度使用。相当于是可以累计计算，通常是用来支付符合规定的医疗费用。
医保卡里的余额来源是什么？
医保卡里的钱指的个人账户里的金额，其来源是：从医保个人缴纳部分以及单位负担缴纳部分，按比例划入个人账户。比如有的城市采取的分年龄段来进行的，具体是：
1、年龄在 45 岁以下的员工，个人缴纳部分的 2% 划入医保账户内，单位负担的 8% 里划分出 1.2% 划入到个人账户里。
2、45 岁以上的员工，个人缴纳部分的 2% 需要划入个人账户，另外从单位缴纳部分的 8% 里划出 1.4% 划入个人账户。
3、已经处于退休年龄的职工是不需要缴纳的，但是每月打入个人账户的占工资总额的 3.9%。
可以看出医保卡每年的入账金额是从员工每月的税前工资里扣除下来的，企业缴纳的部分本质也是职工劳动报酬的对价之一，企业缴纳医保是建立在职工为企业付出了劳动的前提，只是没有直接支付给职工，在医保卡里的余额，其性质属于个人财产，不会随便清零。
医保个人账户里的余额有什么用？
医保卡账户里面有钱，是可以用来去定点医疗机构直接支付相关医疗费用，定点药店购药等，即使用户医保断缴，只要医保卡里有钱，仍然是可以使用的。只是说医保待遇会影响，无法用到医保报销，医保缴费年限会受影响。
哪些人医保卡个人账户里会有钱？
1、在职职工，由用人单位和职工个人按比例缴纳，个人缴纳的 2% 划入个人账户，单位缴纳部分中的也会有一定比例划入到个人账户里。
2、灵活就业人员，是个人身份缴纳职工医疗保险，同样按照在职职工的返还标准，按照统筹区规定的返还比例建立个人账户。
3、退休人员，办理退休时医疗保险的缴费年限达到了国家规定的缴费年限，医疗保险不用缴纳了，退休后可以终身享受医保待遇，有医疗保险返还待遇，也就是钱会返还到医保卡上。
