不会，医保断交三个月缴费年限是不会清零，也就是说医保个人账户的余额和医保累计缴费年限是不会清零的。因为中断后继续交的年限是会累计的，是指断缴前的缴费年限加上补缴后的缴费年限一起计算得出的。
医保断交三个月影响的是连续缴费年限，不影响累计缴费年限，其中连续缴费年限与累计缴费年限不是一个意思。连续缴费年限是与医保待遇挂钩的，另外还会与相关资格挂钩，比如购房购车、落户以及子女入学相关的。累计缴费年限是与退休后享受退休后的医保待遇有关系的，对于职工医保的参保人来说是重要的，一般来说累计缴费年限达到 10 年或更长时间，比如 30 年，且达到了法定退休年龄时，可以不缴纳医保费用了，可以享受医保待遇了，只是各地政策不同。
医保断交三个月是会影响医保待遇享受的，城镇职工医保一旦断交，次月开始无法再享受医保待遇，但是医保个人账户不受影响，如果账户中有金额，仍旧是可以使用的，但是不能够享受住院的医保报销。如果断交三个月是可以进行补缴的，只是补缴的期限不同，医保继续享受待遇的时间是不同的。以北京为例，医保中断缴费 3 个月以内，足额补缴欠缴的保费后，可以视为连续缴费，在欠缴期间发生的医疗费用予以补支。中断缴费 3 个月以上，则视为初次参保，等待期是为 6 个月，自重新缴费之月起 6 个月后开始享受医保待遇。另外，城乡居民医保是交一年保一年的，如果一年到期后，没有缴费就是属于断缴状态，后续补缴的话，有 90 天等待期，等待期过后才能正常享受报销的。
